南园新村的房价相对便宜主要归因于以下几个因素：

区位劣势：南园新村位于浦东新区东南部，远离市中心和主要交通枢纽，交通便利性较差。

配套不完善：该区域商业配套、教育资源和医疗设施相对匮乏，生活便利性受到一定限制。

楼龄老旧：南园新村大部分为上世纪八九十年代建设的老旧小区，房屋品质和居住舒适度较低。

规划滞后：该区域城市规划相对滞后，未有较大规模的商业或交通设施配套建设。这些因素综合作用，导致南园新村的房价低于浦东新区其他区域。