在编教师患有重大疾病期间，是否发放公积金取决于当地的政策和学校的规定。一般来说，公积金是用于帮助职工购房、装修等支出的，如果教师因重大疾病导致经济困难，可以申请提取公积金用于医疗支出。具体的政策和规定建议咨询当地的公积金管理中心或学校的财务部门。