首先，需要了解本地的城市规划和建筑规范，如果三层建筑在该区域是合法的，可以通过政府部门的申请和审批程序来解决问题。如果邻居不同意，可以根据法律程序通过仲裁或诉讼解决纠纷。

另外，可以考虑与邻居进行沟通，听取他们的意见和建议，共同寻找解决方案，以避免产生不必要的纠纷和矛盾。