甲状腺手术可以在农村合作医疗保险中报销，报销比例根据不同地区和保险类型而有所不同。通常情况下，报销比例在50%至80%之间。甲状腺手术的报销金额也因此而有所不同，一般情况下可以高达数千元至万元不等。在申请农村合作医疗保险报销时，需提供相关检查证明如超声检查报告，以及甲状腺手术的住院、手术、药品等费用发票等。