南海南部的主要城市包括海南省的三亚市和三沙市。三亚市，是海南省地级市，别称鹿城，地处海南岛的最南端，东邻陵水黎族自治县，西接乐东黎族自治县，北毗保亭黎族苗族自治县，南临南海。此外，三沙市也是南海地区的重要城市，它位于西沙群岛的永兴岛，是中国最南部的海洋城市。