小蜜袋鼯胚胎在母亲体内发育的过程中，不会被母亲吃掉。蜜袋鼯是一种以胎盘供给的哺乳动物，其繁殖过程与其他哺乳动物有许多相似之处。经过交配后，雌性蜜袋鼯会怀孕，胚胎在母亲的子宫内发育。由于蜜袋鼯的体格较小，怀孕期相对较短，通常只有15至17天。在这段时间里，胚胎会通过蜜袋鼯体内的出生管道进入到母亲的蜜袋中，并在蜜袋中继续发育。

蜜袋鼯的独特之处在于，母亲有两个位于腹部的蜜袋，通过这两个蜜袋的乳汁喂养胚胎。与其他哺乳动物不同，蜜袋鼯的胎儿在蜜袋外已经具备较高的发育程度。当胎儿足够强壮时，它们会自行离开蜜袋，依赖母亲的外部供养。

因此，在整个繁殖过程中，小蜜袋鼯胚胎是受到母亲保护和照顾的，而不是被吃掉。这种行为是蜜袋鼯独特的繁殖方式的一部分，旨在确保其后代的生存和繁衍。