医保卡只扣个人的是因为公司缴纳的医保和个人缴纳的医保进入的是不同的账户。从2021年5月1日起，公司缴纳的医保费用不再计入医保个人账户，而是全部进入医保统筹基金。职工个人缴纳的部分依然是进入个人账户 。