昆山农村自建别墅大都是无证建筑，这是因为许多村民在建房时缺乏规划意识和审批程序，不按照土地利用规划和建筑规范进行建造，存在违建、超面积等问题。

同时，土地所有权、房屋所有权和管理权等方面的法律规定复杂，缺乏统一和明确的标准和程序，导致很难取得合法的房产证。

相关政府部门应该加强管理和执法力度，制定明确的规章制度，将农村自建别墅纳入规范管理，以保障村民的合法权益。