不算首套房。

因为购房须满足首套房的条件，而自建房是指自己购买土地并自行建造，不属于购买一套已有住宅的情况，因此在房产登记时不算作首套房。

对于自建房的购房者，在办理房屋贷款时，也不可享受首套房贷款利率的优惠。

但需要注意的是，由于各地政策和标准不同，对于自建房是否计入首套房标准可能存在不同的规定。

购房者在办理房产登记前，应咨询当地相关部门，以便了解具体的购房政策和办理流程。