医师资格证书和医师的执业证不需要扣留在医院里面的，有的医院是发给个人自己保管好，医院里面在系统里面留有电子版的资格证书和执业证，不收纸质版的，不方便保管。如果是遇到执法大队检查时，直接打开医院里面的网络系统查看电子版的就可以了。