自然人电子税务局退手续费审核时间为3个工作日。

因为根据国家税务总局规定，自然人办理电子税务局退税手续费申请后，税务局会在3个工作日内对申请进行审核并予以处理。

若申请材料齐全、符合要求，处理完成后，系统会自动退还相应的退税手续费到纳税人指定的银行账户中。

如果超过3个工作日仍未审核完成，则可能存在申请材料不全或需要补正等情况，需要及时联系税务局进行补正和确认。