50万存银行和存支付宝各有优缺点。银行存款比较安全可靠，且支持存取取现，但利率相对较低。支付宝存款便捷方便，且利率相对较高，但存在技术风险和存取取现限制。因此，需要根据个人的风险承受能力和使用需求来选择合适的存储方式。

建议在资金量大且需要长期存储时选择银行存款，而对于短期几千元以内的日常资金管理，可以选择支付宝存款。