主要区别如下：

第一，参加的险种不同，社保是五险。灵活就业是两险（养老保险和医疗保险）

第二，交费基数不同，社保是按在职职工月平均工资的40%-60%为基数。灵活就业按本人上年度月平均工资为基数。

第三，交费比例不同，社保就业是单位缴纳一定比例，自己交一定比例。灵活就业养老保险交费比例的20%缴纳

第四，缴纳的主体不同，社保单位和个人共同承担，灵活就业是自己承担全部费用。

第五，户籍限制，社保没有户籍限制，灵活就业只能在户籍地参保！

第六，交费意愿不同。社保是强制性的必须按规定缴纳，灵活就业是自己决定。