鱼缸底部有沉淀物的清理方法有：更换水、安装过滤器 、清理鱼缸底部、增加水流、定期吸走沉淀物、使用水质改善剂、增加水草、减少饲料量、定期换石头或底材、注意鱼儿数量等。

更换鱼缸中的一部分水可以有效地清除沉淀物，从而改善水质。

安装合适的过滤器可以过滤鱼缸中的废物和沉淀物，以维持良好的水质。使用鱼网或其他工具，小心地清理鱼缸底部的沉淀物。