自动抽水机几分钟后自然停止有可能是因为电源故障、电机过热或机型设计不够合理。当电源故障时，电流不稳定会导致机器断电。电机过热时，会通过自身保护装置停止工作。而机型设计不合理时，可能是因为过载等原因造成机器反复启停，导致机器自动关闭。为此，应及时咨询专业维修人员来检查故障并进行修理。同时，使用时应遵守使用说明书中的规定，不要超负荷使用，以免引发机器异常停止。