是的，云闪付消费券的商家有限额。根据官方规定，每个商家每月可以接受的云闪付消费券金额最高为5000元人民币。如果一个用户在同一家商家使用多张消费券，也需要遵守这个限制。此外，请注意不同地区和商家可能会有不同的限额政策，具体情况可以咨询商家或者云闪付客服了解。