污水处理厂建设工程的重点控制部位包括初沉池、曝气池、沉淀池、厌氧池等处理设施，这些部位是污水处理工艺流程中不可缺少的，其运行稳定性和污水去除率对整个处理工艺的质量和效果有着关键的影响。

而关键工序包括投加药剂、曝气、沉淀、滤水等，这些过程的控制和管理直接关系到废水的处理质量和处理方法的可行性，也关系到污水处理厂的运行成本和效益。因此，在污水处理厂建设过程中，应充分重视这些重点控制部位和关键工序的设计和建设。