在我国司法实践中，认定非法经营罪的证据不足，主要有以下依据：

1. 证据规定的要求不满足：根据《刑事诉讼法》的规定，证据要具备真实性、合法性、重要性等基本要素，如果这些要求没有被满足，那么相应的证据就不能用于认定罪名。

2. 证据的证明能力不足：证据要够充分、够有说服力，能够证明犯罪事实的存在，如果证据的证明能力不足，那么就不能用于认定罪名。

3. 证据不足以凭借衔接起一条完整的证据链：在认定罪名时，需要依据证据间的逻辑关系、真实性和合法性进行衔接，如果证据之间缺乏必要的联系和相互印证，不能形成完整的证据链，也就不能用于认定罪名。 如果在审理过程中认为证据不足以支持定罪，那么或许会导致证据不足而无法认定罪名。此时法庭可能会判定被告人无罪或依据事实不足而不予追究责任。

因此，当在刑事诉讼中证据证明不足时，被告人及其辩护人可以就此向法庭提出异议，要求排除证据或者挑战证据的真实性和合法性，并列举、分析证据证明不足的理由，以期获得公正的判决。