1、许可证类型不同：医院药房受《药品管理法》规定，必须由县级以上卫生行政部门颁发《药品经营许可证》，而社会药房则要由市场监督管理部门颁发《药品经营执照》。

2、经营范围、货源不同：医院药房主要为临床提供药品，货源主要是向药械公司采购，而社会药房受《药品管理法》规定，只能销售批发企业及其委托的经营企业的药品，货源主要是向批发企业采购。

3、销售对象不同：医院药房主要向住院病人和门诊病人销售，而社会药房则向普通消费者开售