自建房主体建筑完工后出现漏水问题可能是由多种原因引起的，如材料质量不过关、施工不当、设计方案不合理、风雨天气严重等。必须仔细检查定位问题的原因，排除漏水的根本原因，然后采取对策解决问题。

施工过程中应该严格按照技术要求建造、居住期间要及时维修和检查，如果长期忽视漏水问题，将会严重影响建筑物的整体质量和安全。