捷程数控主轴转速与实际编程不符可能是由于多种因素造成的，比如主轴马达电机损坏、编码器出现问题、电气连接不良、控制系统软件设置错误等。

解决该问题需对故障进行排查，可以检查主轴马达电机和相关零部件是否正常，检查编码器是否工作正常，检查电气连接是否牢固，以及检查相应的软件设置是否正确。在处理故障时，需要细致认真、依照操作流程进行排查和修理，确保主轴转速与编程一致以保证机器的正常操作。