如果事业单位退休人员在企业也有重复的社保问题，可以采取以下措施进行处理：

首先，退休人员可以向企业的人力资源部门提供相关证明材料，证明其已经在事业单位缴纳了社保。

其次，可以联系事业单位的社保部门，向其提供企业的社保缴纳证明，要求其注销退休人员的社保账户。

最后，如果问题仍未解决，可以咨询劳动监察部门或社保局，寻求进一步的帮助和指导。