特种车辆登记证书补办流程如下：

准备相关材料：车主身份证明、车辆行驶证、购车发票或车辆来历证明、车辆购置税完税证明或免税凭证、机动车交通事故责任强制保险凭证等。

前往车管所：将上述材料带到车辆注册登记地的车管所，并填写申请表和提交相关材料。

审核材料：车管所审核提交的材料，如符合补办条件，车主需缴纳相应的费用。

领取证书：在办理完相关手续后，车主可在规定的时间内领取新的特种车辆登记证书。

请注意，具体补办流程可能因地区而异，建议车主在补办前先咨询当地车管所或交警部门，了解具体的补办要求和流程。