在《进击的巨人》的故事设定中，始祖巨人确实曾经拥有脚。然而，由于某些历史事件，他们的脚被视为不纯洁的象征，并被割除。这一传统在巨人族中流传下来，因此现存的巨人都没有脚。所以，如果我们要在《进击的巨人》的故事背景下回答这个问题，始祖巨人曾经有脚，但现在已经没有了。