宋慈进南京书院的情节发生在电视剧《大宋提刑官》的第16集。在这一集中，宋慈因为被陷害而被迫离开了京城，前往南京书院担任讲师。在南京书院，他遇到了许多志同道合的朋友，并在这里展开了一系列的破案工作。

通过自己的聪明才智和严谨的科学方法，宋慈成功地破获了多起案件，并得到了皇帝的赏识和信任。