将空调外机固定在有防水层的房顶时，可以采取以下几种固定方式：

1. U型支架固定：使用U型钢架，在屋顶上固定好支撑框架，再将外机放在支架上，并用螺丝固定。

2. 墙体固定支架：在建筑物的墙体上安装支架并固定，将外机放在支架上，并用螺丝固定。

3. 钢柱固定：在屋顶上根据需要设置多根钢柱，将外机放在钢柱上，并用螺丝固定。

无论采用哪种固定方式，需要确保外机与支架之间有足够的承重能力，以及固定螺丝的牢固性。此外，应仔细检查屋顶的防水层是否完整并正确安装，确保不会出现漏水问题。若不确定如何固定外机，建议咨询专业安装师傅或空调厂商寻求指导。