是的，骨头发酵可以使用EM菌。在发酵过程中，加入EM菌可以帮助加快磷肥的发酵时间，同时也能减少异味。具体操作是将煮沸后的鱼骨头捣碎成粉末状，然后放入塑料瓶中。由于鱼骨头的腥味较重，加EM菌还有助于减轻这种味道。

通常，这样的发酵过程需要放在高温环境中进行，一般在1到2个月内就可以完成发酵