年收入12万也就是平均月入1万元，应该缴纳的税款为990元。

按照新的个人所得税法的相关规定，年度个人所得应缴税款=（累计税前-累积五险一金-累积专项附加扣除-累积减除费用）*税率-速算扣除数。因此，如果你没有专项扣除，那么你的累积税前年收入的12万，减去2万7千的五险一金，再减去6万的起征点的扣除费用，再乘以百分之三，您要缴纳的税费即为990元。