要手动缴纳深圳公司的社保，首先需要登录深圳社保局的官方网站，然后进入社保缴费页面。在页面上，选择手动缴费选项，并填写相关信息，如公司名称、社保账号等。接下来，根据页面提示选择要缴纳的社保项目和缴费月份，并填写缴费金额。最后，选择支付方式完成缴费，可以选择银行转账或在线支付等方式。缴费成功后，记得保存缴费凭证，以备日后查询和核对使用。