在股东职务侵占是否扣除自己的份额，需要根据具体情况而定。

股东职务侵占数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。股东不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益，应当依法承担赔偿责任。如果构成犯罪的可追究刑事责任。

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