如果两栋楼的顶楼可以互通，但您希望将它们隔开来同时不影响阳光的照射，可以考虑以下几种方法：

使用透明隔断材料：例如玻璃或透明塑料板等，这些材料可以允许阳光穿过，同时保持两个空间的隔离。这种方法的优点是阳光充足，且不影响视野和景观。

安装遮阳设施：如果担心阳光过于强烈或直射，可以在透明隔断材料上安装遮阳设施，如百叶窗、窗帘或遮阳篷等，以调节阳光的照射程度和方向。

使用半透明隔断材料：例如磨砂玻璃、雾化玻璃或半透明塑料板等，这些材料可以保持一定的私密性，同时允许一定的阳光穿过。这种方法的优点是可以在保持隔离的同时，仍然让一些阳光进入。

建造高墙或围栏：如果不需要保持完全的通透感，可以在两个顶楼之间建造高墙或围栏，以分隔两个空间。这种方法可以在保证隔离的同时，避免阳光直射到另一个空间。

需要注意的是，无论选择哪种方法，都需要考虑到安全、隐私和实用性等因素，并根据具体情况进行设计和施工。同时，也需要遵守相关法律法规和建筑规范，确保改造的合法性和安全性。