被扣车辆如果已经报废，根据相关法律规定，应由公安机关交通管理部门进行强制报废处理。这一过程确保了报废车辆不再上路行驶，从而维护了道路安全和交通秩序。

车主需要配合相关部门的工作，按照法定程序办理报废手续。同时，车主也应注意及时更新车辆信息，避免使用已达到报废标准的车辆，以免给自己和他人带来不必要的风险和麻烦。