供暖公司有义务通知用户补交两年的供暖费。根据《物业管理条例》的相关规定，物业服务企业应当将服务收费的项目、标准和方式在服务合同中明确注明，如用户存在未缴清的费用，服务企业应当及时通知用户并采取催缴措施。因此，供暖公司作为一家物业服务企业，在用户未缴纳供暖费用的情况下，有责任及时通知用户并催缴。