黄山松鼠一般在春季和夏季繁衍，雄性和雌性松鼠会在树林中建立自己的领地，通过嗅觉和视觉来吸引异性。在交配时，雌性松鼠会发出特定的呼叫声，与雄性产生互动，之后交配完成。

孕期大约为35天左右，母松鼠会在树洞里产下2-7只幼崽。幼崽出生后，母松鼠会持续照顾它们，喂养和保护，直到幼崽独立为止。通常，幼崽们会在三个月左右开始独立活动，性成熟则需要约一年时间。黄山松鼠的繁衍是松鼠族群的重要保持方式。