刷机是指重新安装手机系统，而扩容是指增加手机存储容量。如果你只进行了扩容，那么应用不会消失。但是如果你同时进行了刷机，那么系统会被清空，所有的应用和数据都会消失。你需要重新从App Store下载应用，并且重新配置手机设置。因此，在进行扩容和刷机之前，请备份好重要的数据，以免丢失。