可可托海水库地处额尔齐斯河上游支流库依尔特河与卡依尔特河汇合处(47°09.031′~47°12.913′N,89°42.760′~89°46.138′E),最大库容1.18亿m3,最大蓄水面积21.0km2,最大水深100m,多年平均年径流量15.46亿m3,水库大坝以上流域控制面积5 000km2,属于大型季节调节水库(李定枝,1997)。