新海港商务船和普通船的主要区别在于其用途和功能。商务船一般用于商业目的，如货物运输、客运等，其建造和设计一般更精良，配有更完善的设施和服务，如舒适的客舱、餐厅、休闲娱乐设施等，以满足商业客户的需求。

普通船则是包括诸如渔船、油轮、货轮等非商用船只，其建造和设计相对简单，功能一般单一，主要用于海上货物运输和其它特定的任务。总之，新海港商务船和普通船的区别在于其用途、功能、船型设计和船舱设施等方面。