自己灌的皮蛋肠最好是放在冰箱里冷藏保存，以延长其保质期。如果放在保鲜盒里，由于皮蛋肠内含有较高的油脂和蛋白质，在室温下容易滋生细菌导致变质，影响食品安全。

在冷藏环境中，则可以有效减缓细菌的生长速度，延长食品的保存周期，并且在食用时更能保持其口感质地和营养价值。

因此，建议将自己灌的皮蛋肠放在冰箱里冷藏，并在7-10天内食用完毕。