将莲子发芽后直接放入鱼缸中，虽然在短期内不会对鱼类造成直接的危害，但长期下来，这种做法仍然有潜在的风险。莲子在发芽的过程中会释放出一些物质，影响水质的稳定性，进而导致水生植物或鱼类的死亡。

此外，莲子发芽时根部会释放出许多有害的物质，对鱼类肝脏等内脏器官产生负担，可能导致疾病或死亡。

因此，最好将莲子发芽后根据鱼缸的情况自然生长，等到发芽过程结束后再考虑其放置在鱼缸中的具体方式。