运钞车拆除保险柜后不能通过年检。因为运钞车属于特种车辆，必须按照车辆管理部门的相关规定进行改装和审验。如果拆除了保险柜，那么车辆的结构和用途就发生了变化，不符合原有的特种车辆标准，无法通过年检。