长江上游具有独特的地质、地貌、气候和水文条件。复杂的水域生态环境孕育了丰富的水生生物资源，目前已知共有286 种鱼类栖息于此，包括白鲟、达氏鲟、胭脂鱼等国家级保护动物和110 余种长江上游特有鱼类。为了保护这些珍稀、特有鱼类及其栖息环境，在长江上游水系的云南、四川、重庆和贵州段建立了“长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区”。

该保护区包括了云南水富向家坝至重庆地维大桥间的长江干流以及赤水河、岷江等支流河段，保护河段总长度1138.31km。