灾后房屋补偿和合作医疗之间并没有直接的关系。灾后房屋补偿是指在自然灾害或其他突发事件导致房屋损毁或灭失时，政府或相关部门对受灾户进行的经济补偿，以帮助受灾户重建家园。而合作医疗是一种医疗保险制度，主要是为了解决农村居民因病致贫的问题，提供医疗费用的报销。

在灾后房屋补偿方面，一般由政府相关部门组织评估、核实灾情后，对符合补偿条件的受灾户进行补偿。补偿的标准和金额根据受灾程度、房屋损毁情况等因素确定。

对于合作医疗，它属于费用补偿型医疗保险，主要是针对农村居民的医疗费用进行报销，包括住院费用、门诊费用等。与灾后房屋补偿相比，合作医疗主要关注的是农村居民的医疗保障问题，与灾后房屋补偿没有直接的关联。

总之，灾后房屋补偿和合作医疗是两个不同的领域，它们之间没有直接的关系。在灾后房屋补偿时，不会受到合作医疗的影响。同样，合作医疗的报销也与灾后房屋补偿无关。