单位给员工申报奖金的时间，应当遵循《中华人民共和国个人所得税法》及相关法规的规定。一般来说，奖金应当在发放时代扣代缴个人所得税，并在次月十五日内向税务机关报送纳税申报表。如果单位选择在年底一次性发放奖金，则应当在年底前完成申报和缴税工作，以避免影响次年的汇算清缴。

为了确保不影响汇算清缴，单位应当注意以下几点：

及时了解税法及相关法规的最新规定，确保申报和缴税工作的准确性和合规性。

建立完善的奖金发放和申报流程，确保奖金的发放和申报工作规范有序。

加强与税务机关的沟通和协调，确保申报和缴税工作的及时性和准确性。

总之，单位应当在遵循税法及相关法规的前提下，合理安排奖金的发放和申报时间，确保不影响次年的汇算清缴。同时，单位还应当加强内部管理，提高员工的税法意识和纳税意识，共同维护国家的税收秩序。