飞凡上海etc扣款是通过绑定的银行卡进行自动扣款的。在使用etc过程中，当车辆通过高速公路收费站时，系统会自动识别车辆的电子标签信息，并从绑定的银行卡中扣除过路费。

还可以通过APP或官网查询扣款记录和余额，确保账户余额充足。在使用过程中，需要注意及时维护银行卡和电子标签的有效性，避免账户异常或扣款失败。