跨境电商与线上兑税的区别在于收取款税机构不同。

跨境电商是指在国际贸易中，利用网络技术开展商业活动，买家和卖家来自不同国家或地区的关税贸易活动；而线上兑税是指利用网络技术来收取关税，也就是线上支付网上购买商品税款。跨境电商是指全球范围内的贸易，而线上兑税是指在国内贸易中，由有权收取税款的官方机构来收取税款。