新农村合作医疗制度，简称新农合，是由农村居民个人和政府共同缴纳的医疗保障基金所组成的医疗保险制度。该基金由县级财政部门进行管理和监督，确保基金的合理使用和保障农村居民的医疗卫生权益。各地的县级财政部门都会设立专门的机构来负责新农合基金的征收、管理和分配。因此，新农合基金的管理单位是县级财政部门，在各地政府的领导下，确保农村居民的医疗保障需求得到有效满足。