1、长度不一样：扬子江隧道，全长7368米，南京长江隧道位于南京扬子江隧道与南京长江三桥之间，隧道总长度为6042米，因此长度不同。

2、工程投资金额：长江隧道为双向六车道，行车时速80公里，工程总投资约33亿元人民币，扬子江隧道，两条隧道均为上下两层，每层单向二车道，设计时速80公里，整个工程总投资约52亿元人民币，工程投资不同。