找到自己的交配对象后，鳄鱼开始交配，鳄鱼和爬行动物的交配方式有相似的地方。雄性有精巢1对，精液借输精管达泄殖腔。泄殖腔内具可充血膨大而又能伸出泄殖腔的交配器（半阴）。