边牧犬的配对方法应该是根据遗传学原理，选择与自己基因互补的犬只进行配对。

边牧犬是一种遗传疾病比较多的犬种，所以在进行配对前需要进行基因检测，确保两只犬只不会携带同样的疾病基因，从而避免繁殖出患病后代的风险。

在进行配对的选择上，除了考虑基因的情况外，还需要注意性格、身体素质等方面的匹配，以保证后代的健康和性格稳定。

同时，也需要留意是否存在亲缘关系，因为过近的亲缘关系可能会增加后代患病的风险。

在配对完成后，需要进行孕期的照顾和产后的护理，确保母犬和幼犬的健康。