申请高新技术企业认定的利益主要包括税收优惠、获得政府补贴、获得知识产权保护等；劣势主要在于申请过程繁琐、审核周期长、需要满足一定的技术创新要求等。此外，高企认定后还需要遵守相关的法律法规和规定，否则可能会被取消认定资格。